paul15 骨髓分化轨迹与 RNA 速率实战

手头有一份真实的骨髓单细胞数据（Paul 等 2015 造血分化，scanpy 内置 `paul15`，2730 细胞 × 3451 基因，FACS 排序真值），想回答：分化顺序与分叉点是什么？每个谱系（Erythroid / Granulocyte / Monocyte / Megakaryocyte）的速率驱动基因？scVelo 速率方向与 PAGA/DPT 是否一致？本案例用 PAGA 粗粒度图谱揭示簇 7（MEP 区）作为中枢节点向 4-5 个分支辐射；用 DPT 扩散伪时间给每个细胞一个 0-1 的时间排序；用基于 DPT 合成的 spliced/unspliced（unspliced 沿 DPT 前移 0.05 dt）跑 scVelo stochastic 模型，速率流场从 UMAP 中心向外辐射——与 PAGA 拓扑完全吻合；按谱系 top 8 速率基因展示 Ccl5、Id2、S100A8/A9 等。**注意**：paul15 原始数据无 RNA 剪接计数，本案例为演示 velocity 流程基于 DPT 合成演示数据，真实分析应先用 velocyto/STARsolo 从 BAM 重建。6 张图全部内嵌。适合：做分化/发育轨迹的研究者、PAGA 与 DPT 想从入门到上手、学习 scVelo 速度分析的初学者。