Stereopy 单样本空间聚类 SOP

拿到 SAW 跑出来的 .tissue.gef 或 .cellbin.gef 之后怎么往下走？文档散落在 readthedocs 各篇教程，GEF 读写、bin_type 区别、raw_checkpoint 什么时候打、Seurat 怎么转、SingleR 注释要不要 GPU——全靠自己拼。这个案例把立体Seq专家内置的 stereopy-docs 官方文档浓缩成一份「拿到 GEF 就能跑」的单样本 SOP：覆盖环境准备（Python 3.8 + pip/conda）、GEF 读写速查（square bin / cell bin 对比 + IO 速查表）、标准流水线（read → cal_qc → filter → raw_checkpoint → normalize → HVG → PCA → neighbors → UMAP → Leiden → find_marker_genes）、QC 过滤前后分布、空间散点 + UMAP 必看原则、marker 基因解读 + SingleR 注释、Scanpy/Seurat 互转、结果保存。6 张代表性示意图全部内嵌，单文件自包含可直接当团队 SOP。适合：空间组学方向研究生、需要把 SAW 产出矩阵接上下游分析的算法团队、刚上手 Stereopy 想跳过踩坑的工程师。